Con una maltrecha rodilla, que le tuvo fuera de los terrenos de juegos durante los últimos meses de su carrera como jugador, el lunes 3 de Enero de 2005, Unai Emery pasó de ser jugador a entrenador del Lorca Deportiva.
Aquel grupo cuarto de segunda división B, de la temporada 2004-05, fue dominado por el Sevilla Atlético de Antonio Puerta, Marco y Jesús Navas, Diego Capel, Alejandro Alfaro, David Prieto y Kepa, que fue máximo goleador con 23 goles. Faltando nueve jornadas para el final, el Lorca de Emery se presentó en la ciudad deportiva Cisneros Palacios, donde el filial de Jiménez dio buena cuenta de los murcianos por 2-0, goles de Marco Navas y Kepa. A pesar de esa derrota, Emery logró en las ocho jornadas finales, 5 victorias, 1 empate y 2 derrotas más, con las que arrebató al Marbella la cuarta plaza en la última jornada y logró jugar y superar la fase de ascenso a segunda división.
Buenos números en segunda
En la temporada 2004-05, el Lorca de Emery fue la sensación en segunda, manteniendo opciones de ascender incluso a primera hasta la última jornada. En las ocho últimas jornadas, cosechó 3 victorias, 4 empates y 1 derrota. Siendo finalmente quinto. Para la temporada siguiente, el de Hondarribia dio el salto al Almería, con el que lograría el ascenso a primera. Sus jornadas finales arrojaron un parcial de 4 victorias, 1 empate y 3 derrotas, acabando segundo en la tabla.
Creciendo en primera
En la temporada 2007-08, debuta en primera división, llevando al Almería a una más que meritoria octava posición. El tramo final se saldó con 3 victorias (goleando al Sevilla en Nervión por 1-4), 1 empate y 4 derrotas. Emery continuó su exitosa carrera en el Valencia, con el que, en la temporada 2008-09 fue sexto, sumando en las últimas jornadas 4 victorias (de nuevo goleando al Sevilla, esta vez en Mestalla 3-1), 1 empate y tres derrotas. La temporada 2009-10 fue un nuevo paso al frente de Unai Emery, que metió al Valencia tercero y en el último esprint logró 5 victorias y tres derrotas. La temporada siguiente, repitió tercer puesto, acabando la liga con 4 victorias, 2 empates y 2 derrotas. El Valencia rehusó renovarle el contrato a pesar de que en la temporada 2011-12 volvió a ser tercero con un esprint final de 4 victorias, 1 empate y 3 derrotas. En la 2012-13, Unai se marchó al Spartak de Moscú, donde solo pasó unos meses y no logró mantener el puesto hasta final de temporada.
Los finales de liga con el Sevilla
En Enero de 2013, recaló en el Sevilla. Aquella temporada que había comenzado Michel, concluyó con 2 victorias, 3 empates y 3 derrotas que no sirvieron más que para acabar noveno. La temporada 2013-14, el Sevilla fue quinto, con un final de 4 victorias, 1 empate y 3 derrotas. Por último, la temporada 2014-15, acabó la liga con 4 victorias, 3 empates y 1 derrota, que, pese a ser el final de liga con mejores números de su carrera, no bastó para mejorar la quinta plaza. Sin embargo, hay que anotar, que en estas dos últimas campañas, además de los partidos ligueros, el equipo disputó las últimas rondas de Europa League, ganando incluso ambas finales, algo que nunca había sucedido hasta entonces en la carrera de Unai Emery, porque nunca antes había llegado tan lejos en competición de eliminatorias.
Solamente en su debut en primera y en su estreno con el Sevilla, se quedó Emery sin sumar, al menos 4 victorias de los ocho partidos finales de liga en primera división. Nunca perdió más de tres partidos e incluso, en una ocasión, perdió dos y en otra solo uno. Sin embargo, 4 victorias más, significarían que el Sevilla alcanzara esta temporada 60 puntos, lo cual, parece poco para desbancar al Villarreal de la cuarta plaza, puesto que los castellonenses tienen ya 56, y es muy factible que superen esos 60 puntos. A la vista de los números, el final de la temporada 2015-16 deberá ser el mejor de la carrera de Emery si quiere alcanzar la champions league.