Tras una temporada llena de esfuerzos y sacrificios, el filial del club de Nervión conseguía el ansiado ascenso a Segunda División, convirtiéndose así en el único filial de todos los clubes españoles que milita en la división de plata. Al principio de la pasada temporada, para los de Diego Martínez, conseguir el ascenso era un sueño que finalmente han visto cumplido. Con algunas bajas importantes como las de Martínez y Tena pero con una buena cantidad de refuerzos, el Sevilla Atlético comenzaba su andadura en la Liga 123. El filial ha tenido un comienzo de temporada irregular. En sus tres primeros partidos en esta categoría, los hispalenses lograron tres empates, dando una buena imagen en el campo. La primera derrota tuvo lugar a domicilio frente al Lugo. En la quinta jornada llegó el ansiado triunfo, tuvo lugar en el Ramón Sánchez Pizjuán frente al Huesca por dos goles a cero. En la siguiente jornada, tocó visitar uno de los campos más complicados de la Segunda División, el Ciudad de Valencia, donde el equipo cayó derrotado por la mínima. Y en el último encuentro frente al Alcorcón, el filial cosechó un valioso empate que sitúa al equipo en decimosexta posición con un total de siete puntos.
En la temporada 2006/2007 el Sevilla Atlético de Manolo Jiménez conseguía el segundo ascenso a Segunda división en toda la historia del filial sevillista. El equipo estuvo pilotado hasta la décima jornada por Manolo Jiménez, que se fue a entrenar al primer equipo tras la marcha de Juande Ramos. En estas diez jornadas, el equipo sevillista logró un total de cuatro empates, cinco victorias y tan solo una derrota ante el Córdoba. Los números del equipo eran muy buenos, con un total de diecinueve puntos de treinta posibles. El filial sevillista consiguió mantenerse en la división de plata firmando una gran temporada. Los de Diego Martínez, buscan la estabilidad para poder mantenerse el próximo año en la Liga 123.