El filial rojiblanco que dirige Diego Martínez comenzaba el año 2016 en 2ªB, cuya temporada comenzó con el objetivo de mantenerse, pero conforme se fueron sucediendo los buenos resultados, los sevillistas comenzaron a soñar con el ascenso a la división de plata. Los pupilos de Diego Martínez a principios de año no habían conocido la derrota en casa, consiguiendo seis victorias y tres empates. Lejos de Nervión los resultados también eran muy positivos, tan solo una derrota frente al Granada B.
Play off y ascenso
La temporada continuó siendo espectacular, hasta que el filial rojiblanco logró colocarse en los puestos de play off. Fueron tres las eliminatorias que los sevillistas tuvieron que superar para conseguir el ascenso. Se enfrentaron a Lleida, Logroñes y Socuéllamos. El ascenso se decidió durante el partido de vuelta frente al Socuéllamos en la ciudad deportiva del equipo hispalense. Se tuvo que llegar hasta la tanda de penaltis, en la cual, el guardameta sevillista, Jose Antonio Caro, marcó el último penalti que daría el ascenso a Segunda División para culminar la excelente temporada disputada por los pupilos de Diego Martínez.
Segunda División
El filial sevillista comenzaba su andadura en la división de plata en un escenario a la altura de las circunstancias, el Ramón Sánchez-Pizjuán, dónde los sevillistas están jugando esta temporada debido a las obras que se están realizando en la ciudad deportiva. Se estrenaron con empate en un partido que se complicó en los últimos minutos frente al Girona. Hubo que esperar hasta la quinta jornada para ver una victoria, en esta ocasión frente al Huesca. A partir de la sexta jornada, el Sevilla Atlético comenzó a mejorar en sus resultando cosechando dos empates y cuatro victorias en las siguientes jornadas. Ha llegado a situarse en puestos de ascenso directo a primera división. Los últimos partidos han dejado un sabor agridulce, pero este filial nunca deja de creer en ellos mismos y en 2017 buscarán conseguir resultados tan buenos como en el 2016.